微博事件

2012年8月13日，在其个人微博上，炮轰长春电影制片厂。崔永元的两条微博已被转发评论达5000余条，引起了网友的热议。

2012年6月11日，崔永元在个人微博怒斥湖南省教育厅，称其：“不努力、不作为、不要脸”。

与方舟子

2013年12月，崔永元和“打假大王”方舟子因转基因食品在网上发生论战，且争执持续升级。

2014年3月28日，崔永元两亿天价代言某品牌家具惹争议，崔永元接受媒体采访时表示，确实接了这么一个代言，自己已经把钱捐给了崔永元公益基金会。

2014年7月23日上午9时30分，海淀法院公开开庭审理原告（反诉被告）方是民（笔名方舟子）与被告（反诉原告）崔永元名誉权纠纷一案。 双方均不同意调解，法院宣布休庭再审。事后，崔永元接受媒体采访，称自己不看重这次（庭审）的结果，同时透露自己就是为了跟方舟子打官司才离开央视的，如果不胜诉还会继续上诉。

2015年6月25日上午，方是民（笔名方舟子）诉被告（反诉原告）崔永元名誉侵权案在海淀法院开庭审理。9点34分，法庭当庭宣判，崔永元的微博言论不构成侵权。

法院认为，方是民、崔永元均为公众人物，享受了较多的公众关注及相关便利，对来自他人的负面评价也应负有一定的容忍义务。崔永元使用“骂战”等用语，虽然对方是民的社会评价有一定不利影响，但情节轻微，尚未达到侮辱、诽谤的严重程度，方是民作为公众人物应当适度容忍，故崔永元的上述微博用语未侵犯方是民的名誉权。

北京市海淀区法院一审判决崔永元删除法院认定的侵权微博、向方舟子赔礼道歉，赔偿方舟子精神损害抚慰金3万元及合理支出1万5千元。对崔永元的反诉，判决方舟子删除法院认定的侵权微博、向崔永元赔礼道歉，赔偿崔永元精神损害抚慰金2万5千元及合理支出2万元。随后，双方均提起上诉。

2015年6月25日下午，崔永元发了一条微博，首次回应判决结果，表示也将上诉。“海淀法院法官辛苦了，看了判决书我决定上诉，因为我认为法庭没有认定我称方是民是网络流氓和骗子是客观描述，是那么恰如其分，竟然特别准确，而且证据充足，不存在侵害名誉权一说”。

2015年9月17日上午，北京一中院组织双方当事人进行了证据交换，并确定将于2015年9月28日9时30分进行二审开庭审理。

2015年9月28日上午，北京一中院开庭审理了方舟子与崔永元名誉权纠纷上诉一案。最后，上诉双方均表示坚持上诉意见，不同意调解。本案未当庭宣判。

2015年12月25日上午，北京一中院对该案进行了公开宣判，驳回双方上诉，维持了一审判决。

捞金传闻

2014年10月，有消息称崔永元离开央视后疯狂捞金，连接四档节目，也引发网友质疑，担心他能否胜任大学的教学工作。10月16日晚，他首次回应传闻，除了澄清只接了两档节目外，还自嘲说：“没有教师证，真不让教，所以就只能跑场挣钱。”

与肖鹰

2014年11月7日，肖鹰批评赵本山的二人转是低俗秀，11月10日，崔永元对肖鹰的观点进行反驳，之后两人在微博上进行互相回击。

11月13日，肖鹰回应称与崔永元无过节。

与洛南县委书记

2015年7月18日，演员袁立在微博做慈善帮助尘肺病人，崔永元转发微博力挺并称：“我要去大爱清尘做志愿者，我想看看尘肺病人怎么活……她真的去参加了，她走近那些挣扎在生死线上的兄弟姐妹，她为他们呼吁呐喊争取权益和捐款，有几个名星能做到？大赞袁立！”本是一件好事，却被一名实名为共青团陕西省商洛洛南县委书记的网友给予了“差评”。

7月19日凌晨2点，崔永元再次发微博指出：“既然你是官微，还是应该要点脸的，多少应该要一点。”并贴出这名“洛南县委书记”的相关微博截图。

与黄毅清

2018年7月26日晚，崔永元晒出立案通知书，并表示“走法律程序效率很低，但也必须走。”通知书上显示，崔永元起诉黄毅清诽谤经过审查，符合法定受理条件，北京市海淀区人民法院决定立案审理。通知书上还要求，崔永元经两次依法传唤，无正当理由拒不到庭的，或未经许可中途退庭，按撤诉处理，如提交不了证据，也将驳回起诉。

关于转基因纪录片

纪录片备受争议的原因，是片中美国公众接受或反对转基因的理由显得很片面、不够科学。

如果拿出做科学论文的精神，小崔的调查确实有些问题。比如最明显的，有人说科学家通过发表特殊言论获利，政治干涉了科学研究。这些说法缺乏事实依据，充满了阴谋论的气息。作为资深媒体人的崔永元，肯定清楚这些言论不能作为反对转基因技术的证据。

2014年10月17日，美国学者马丁娜·纽威尔—麦格劳林在接受采访时表示，她发现她在崔永元转基因纪录片中的一些言论被“编辑”过，以及“被错误的翻译了”。她举例称，当时崔永元问，很多转基因产品是在美国生产的，但并不在美国消费，而是出口到了中国。但事实上，美国消费者也在食用这些产品，美国有一万亿的食用人次，还有十亿家畜食用转基因作物，目前并没有发现任何的问题。

马丁娜是加州大学戴维斯分校教授，在崔永元拍摄的转基因纪录片中多次出现过，，她指出，崔永元的纪录片中描述的老鼠食用转基因作物后形成肿瘤，也存在一定问题。马丁娜解释称，“其实这些大鼠自发地就会形成肿瘤，如果测试对象数量增加之后，肯定会有肿瘤的出现”。她表示，如果看到采访的文本，可能回答就不同了。

崔永元的纪录片中接受采访的加州大学戴维斯分校教授Martina Newell-McGloughlin指出，“我接受崔永元采访是在去年11月，当时交流了一个半小时，后来并没有看过他的纪录片。但根据看过该片的朋友反馈，我认为播出的内容经过了编辑，有些内容可能是错误的翻译，或是沟通语言有障碍。实际上，我认为转基因技术非常重要，并且从科学的角度有过严谨的评估，进行过安全和环境的测评才进入大规模的种植。”

崔永元在网络上公布了赴美国调查转基因接受情况的纪录片，引来关注无数。这种关注也引来诸多批评：崔永元的调查不够科学。

如果拿出做科学论文的精神，小崔的调查确实有些问题。比如最明显的，有人说科学家通过发表特殊言论获利，政治干涉了科学研究。这些说法缺乏事实依据，充满了阴谋论的气息。作为资深媒体人的崔永元，肯定清楚这些言论不能作为反对转基因技术的证据。但这些片断还是出现在了片子中，因为崔永元提供给公众的，不是一个普及现代农业技术的科普片，而是一个介绍美国对转基因技术和作物接受情况的纪录片。纪录片备受争议的原因，是片中美国公众接受或反对转基因的理由显得很片面、不够科学。也许有人会说，崔永元提供的确实是一个合格的纪录片，但这些不够科学的言论有可能引起公众对转基因的恐慌。

崔永元的美国转基因调查纪录片的立场被认为有失偏颇，引发了很大的争论。比如，彼时纪录片中采访对象的资格受到质疑，片中的部分实验和结论也被称为不严谨，同时带有倾向性，误导了读者。

一位植物分子生物学博士曾在2014年的一篇文章中分析称，“（崔永元）这部纪录片，从宣传上看是成功的，而从科学角度看则是失败的。在宣传上，神奇的个例、丰富的个人体验和对一些转基因支持者激烈的反击，让这部纪录片具有很强的煽动性。但其背后，无论从被采访者的构成、所表述的观点还是其论述的科学性上看，无不流露着被操纵和选择的痕迹。而从科学角度来看，一个好的调查，需要对采样和采访对象进行良好的设计，并对获得的数据进行科学分析。从全片来看，由于调查取样的偏向性，使得本片所得出的结论并不客观。”

在国内知名科普网站果壳网“2014十大科技谣言”中，崔永元的转基因纪录片因“相关性不代表因果性”而名列榜首。

“科学公园”撰文称，崔永元在这部所谓的纪录片中，植入了极多已被科学界反复辟谣的谣言和谬误。